2008年台湾大选之际，一群支持马英九、萧万长先生竞选团队理念的台湾中小企业家，共同组织了「全台中小企业挺马萧后援总会」，总会长为祯祥食品工业股份有限公司张晁祥董事长。不久后马萧团队顺利当选，张董事长预见两岸经贸政策将会逐步开放，双方企业往来必更加频繁，为有益两岸交流，并以民间组织的力量支持政府的两岸政策，遂筹组该会。中华两岸企业发展协进会在经过三次筹备会议后，于2009年6月13日举行会员大会，并选举理监事会务干部，由张晁祥先生获选为理事长，蔡长宗先生为监事长，另设四位副理事长，经呈报台湾“内政部”同意后，自2009年7月1日正式立案，于同年10月24日举行干部就职暨顾问聘任典礼。该会设有35位理事、11位监事等会务干部外，另依会务需要编组各委员会，及在各县市设分级组织，并聘请中国国民党中央评议委员会主席团主席赵守博先生为荣誉理事长；现任“两岸共同市场基金会”董事长詹火生教授为顾问团团长，共同推动会务工作。

　　该会的运作理念是秉持『务实、开放、稳健的路线，让台湾善用大陆的利基，重新找回台湾经济活力』的政策指导，以建构两岸企业经贸合作互动平台、提供两岸中小企业良好的交流管道，务实推动两岸经贸正常发展为核心目标。

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